È stata fondata nel 1136 da Bernardo di Chiaravalle, come il primo monastero cistercense sulla riva est del Reno, sul sito di una fondazione monastica precedente quella di Adalberto di Magonza , in un primo momento occupata da canonici agostiniani e poi da monaci benedettini..
Divenne ben presto uno dei monasteri più grandi e più attivi della Germania a cui seguirono: Schönau abbazia nei pressi di Heidelberg nel 1142; Otterberg abbazia nel Palatinato 1144; Abbazia Gottesthal vicino a Liegi nel 1155, e Arnsburg Abbazia nel Wetterau nel 1174. Al suo apice nei secoli 12 ° e 13 °, si stima che il numero di monaci presenti a Eberbach sia stato di circa 100 oltre a 200 fratelli laici .
L’Abbazia di Eberbach ebbe anche un grande successo economico, principalmente per effetto dei profitti della coltivazione dei vigneti e la conseguente produzione di vino. Almeno 14 membri della famiglia dei Conti di Katzenelnbogen furono sepolti nella chiesa abbaziale.Tra di loro c'era il conte Johann IV di Katzenelnbogen, che fu il primo a piantare i vitigni di Riesling, in un vigneto nel vicino villaggio di Rüsselsheim.
Si dice che nell'abbazia ci fosse una enorme botte di vino con un volume compreso tra ca. 50.000 e 100.000 litri, vino utilizzato dai ribelli del Rheingau, che si erano accampati appena sotto il monastero nella guerra dei contadini tedeschi del 1525,.
L'abbazia ha subito gravi danni durante le Guerra dei trent'anni , a partire con l'attacco dell'esercito svedese nel 1631. Molti oggetti di valore provenienti dalla chiesa e la biblioteca sono stati saccheggiati, ed i monaci furono costretti a fuggire, di cui solo 20 tornarono nel 1635 per iniziare una faticosa ricostruzione.
Il declino del sito avvenne con la Rivoluzione francese . L'abbazia smise la sua funzione il 18 settembre 1803 e il suo patrimonio e territorio divennero proprietà del principe Friedrich August di Nassau-Usingen .
